Järjestelmän käynnistämiseen liittyvästä suunnittelutyöstä ovat vastanneet Suomen Sydänliitto ry ja Suomen Diabetesliitto ry yhteistyössä Syöpäjärjestöjen kanssa. Merkin hallinnasta vastaavat Sydänliitto ja Diabetesliitto. 

Suunnittelutyön lähtökohtana oli sosiaali- ja terveysministeriön ja Suomen Sydänliiton (31.12.1999 asti Suomen Sydäntautiliitto ry) vuonna 1997 järjestämässä konsensuskokouksessa hyväksytty toimenpideohjelma, jonka yhtenä suosituksena on merkintäjärjestelmän luominen elintarvikkeille. Myös Diabetesliitolla oli käynnistynyt vastaavanlainen hanke diabeteksen ehkäisyn ja hoidon kehittämiseksi (DEHKO). Elintarvikkeiden merkintäjärjestelmän toteuttaminen sisältyy myös tämän kehittämisohjelman suosituksiin. Sydänmerkki-järjestelmä käynnistyi vuonna 2000.

Sydänmerkin myöntämisperusteet ja järjestelmän periaatteet on laadittu laajapohjaisessa työryhmässä. Järjestelmän suunnitteluvaiheessa pyydettiin lausunnot lähes 60 eri taholta. Saadun palautteen ja elintarviketeollisuuden osoittaman kiinnostuksen perusteella järjestelmä päätettiin käynnistää.

Suomen Sydänliitto ry on kansanterveys-, potilas- ja edunvalvontajärjestö, joka edistää sydänterveyttä monin tavoin. Liittoon kuuluu 19 sydänpiiriä ja 240 sydänyhdistystä ja niiden 83 000 henkilöjäsentä.

Suomen Diabetesliitto ry on kansanterveys- ja potilasjärjestö, joka toimii diabeetikoiden hoidon kehittämiseksi ja omahoidon edellytysten turvaamiseksi sekä aikuistyypin diabeteksen ehkäisemiseksi. Liittoon kuuluu 107 diabetes-yhdistystä ja kolme ammatillista yhdistystä.